東太湖綜合整治后續工程是國務院批復的 《太湖流域水環境綜合治理總體方案(2013年修編)》“河網綜合整治”類項目中規劃的工程項目。工程實施將進一步提高流域防洪能力，保護、改善東太湖水生態環境，保障流域供水水質安全，提高東太湖水景觀，推進區域生態文明建設，促進沿湖地區經濟社會和諧發展。根據計劃，工程總投資約35億元，計劃建設期32個月。目前，工程環境影響評價第二次公示正在進行中。

根據公示，工程建設內容包括環湖大堤達標加固工程、行洪通道優化工程、入湖河道綜合整治工程等三項。施工期間，工程疏浚施工產生的懸浮物擴散，可能會對吳江水廠和二水廠取水口的水質產生一定的影響;施工棄土、渣、施工建筑垃圾、施工人員生活垃圾等固體廢棄物若處理不當，可能帶來一定程度環境污染和水土流失發生等。運行期間，將明顯提高流域防洪能力，改善東太湖水生態環境，但可能會改變東太湖局部區域水下地形，湖區水文水動力可能發生一定程度的改變等。

為了預防或減輕不良環境影響，在施工期間和以后的運行期，設計部門提出了一些有針對性的措施，如疏浚施工懸浮物擴散，可通過降低絞刀轉速和施工速度緩解不利影響;在各工程施工工區廢水相對集中地設置現場處理設施，收集各類施工廢水，經處理達標后排放;排泥場尾水排放前經余水處理池處理后達標排放等。